Если у вас проблемы с остатками в отчете "Ведомость по товаром и ГТД организаций" то обратите внимание, возможно ваши остатки застряли на пустом складе (в отчете он отображается как пустая строка). Такое возможно если кто то менял галочку  в учетной политике "Вести учет товаров организаций в разрезе складов". Если эту галочку снять то программа начинает оприходовать и списывать товары на пустой склад, при этом программа не предупреждает пользователя, и спокойно дает эту галочку менять.